菅直人利用時機，首先協(xié)調(diào)執(zhí)政黨和在野黨的利益關(guān)系，在抗震救災(zāi)政策上尋求各黨統(tǒng)一的立場，從而打開更廣闊的合作空間。3月13日，菅直人邀請自民黨總裁谷垣禎一到首相官邸舉行會談，兩黨一致同意就災(zāi)后重建和救濟災(zāi)民制定特別措施法案。菅直人呼吁“為了保護國民的生命財產(chǎn)，為了救助國家，請大家攜手合作?！惫仍澮粍t表示“我們會全力配合”。朝野雙方在會談中還商定，為迅速開展救援和重建工作，地震發(fā)生后72小時內(nèi)各黨不向災(zāi)區(qū)派遣調(diào)查團，各黨密切交換有關(guān)信息。
3月13日，自民黨國會對策委員長逢澤一郎會見民主黨國會對策委員長安住淳，同意延長稅制改革法案中3月末到期的減稅措施。逢澤并表示同意民主黨提出的地方交付稅改正法案、促進中小企業(yè)融資法案、關(guān)稅定率法案等。3月14日，民主黨和各在野黨的干事長、國會對策委員長舉行會談，討論各法案的具體通過事宜和今后國會的運營方針。民主黨借地震之機和自民黨良性互動，但民主黨提出的兒童補貼法案遭到自民黨代理政調(diào)會長林芳正的反對。
其次，菅直人利用地震造成的混亂，推遲原定于4月份舉行的統(tǒng)一地方選舉。自民黨的支持率在2月份比民主黨高6%，菅直人內(nèi)閣的支持率下降到18%。因此，4月份的統(tǒng)一地方選舉民主黨會一敗涂地。地震后，片山善博總務(wù)相在3月13日提出要推遲統(tǒng)一地方選舉，“根據(jù)各地受災(zāi)情況決定統(tǒng)一地方選舉的時間，受災(zāi)地區(qū)至少需要幾個月的時間恢復(fù)。”
而且，地震發(fā)生后日本政府緊急成立了首相官邸對策室，菅直人緊急召集內(nèi)閣所有成員到官邸開會研究對策，并發(fā)表講話呼吁日本國民保持冷靜。菅直人身先士卒，盡量表現(xiàn)自己的領(lǐng)導(dǎo)才能。震感尚未消失，菅直人就穿著應(yīng)急人員穿的藍色連體工裝出現(xiàn)在電視臺，他讓日本人民“保持冷靜”，并向他們保證，政府正在采取一切措施將損失降到最小。他堅定地對政治家們說，我們需要“拯救國家”。地震造成福島第一核電站的兩個反應(yīng)堆發(fā)生爆炸，發(fā)生核泄漏事故。菅直人親自坐鎮(zhèn)指揮，受到國民的好評。由于福島第一、第二核電站關(guān)閉，這次地震共11座核反應(yīng)堆以及數(shù)十座傳統(tǒng)的火電站和水電站關(guān)閉，導(dǎo)致數(shù)百萬人失去電力供應(yīng)。為了應(yīng)對由于反應(yīng)堆關(guān)閉預(yù)計會出現(xiàn)的嚴重電力短缺，菅直人任命行政改革擔(dān)當(dāng)大臣蓮舫兼任節(jié)約用電大臣，呼吁工業(yè)用戶停止或減少運營，省出電能，保障家庭用戶的電力供應(yīng)。菅直人還任命辻元清美為管理救災(zāi)志愿者的首相輔佐官。
