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原標(biāo)題：原標(biāo)題鯉魚(yú)全基因組序列精細(xì)圖譜繪制完成

覆蓋約為16.9億堿基 包含52610個(gè)功能基因

本報(bào)記者 馬愛(ài)平

日前，鯉魚(yú)全基因組序列精細(xì)圖譜已繪制完成，該基因組覆蓋約為16.9億堿基，包含52610個(gè)功能基因，功能基因數(shù)目是大多數(shù)硬骨魚(yú)類(lèi)基因數(shù)目的兩倍。

這是在國(guó)家863計(jì)劃支持下，由中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院“鯉魚(yú)等功能基因組資源開(kāi)發(fā)及其數(shù)據(jù)庫(kù)與網(wǎng)站構(gòu)建”課題組與國(guó)內(nèi)外合作團(tuán)隊(duì)共同完成的成果，這也是國(guó)際上首個(gè)完成全面解析的異源四倍體硬骨魚(yú)類(lèi)基因組圖譜。

和近緣二倍體模式魚(yú)類(lèi)斑馬魚(yú)的基因組比較，鯉魚(yú)起源于進(jìn)化歷史上的兩種二倍體祖先種雜交事件，保留了兩套祖先種的染色體和基因組，分子鐘證據(jù)表明這次基因組倍增發(fā)生在約820萬(wàn)年前，是非常近的一次全基因組倍增事件。

該課題組采集了全球10個(gè)代表性鯉魚(yú)品系和野生種群的樣本，對(duì)33尾鯉魚(yú)開(kāi)展了全基因組重測(cè)序研究，共挖掘獲取了18949596個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)和1694102個(gè)插入/缺失突變位點(diǎn)，首次繪制了全球鯉魚(yú)單堿基分辨率的全基因組遺傳變異圖譜。

課題組還利用全基因組多態(tài)性?huà)呙韬捅容^轉(zhuǎn)錄組分析手段，對(duì)表型性狀差異顯著的松浦鏡鯉和荷包紅鯉進(jìn)行了比較分析，定位了與鯉魚(yú)鱗被缺失、紅色體色等性狀相關(guān)的遺傳座位、功能基因和調(diào)控通路。

基于鯉魚(yú)全球代表性品系的遺傳變異信息，課題組構(gòu)建了含有25萬(wàn)個(gè)高質(zhì)量位點(diǎn)的鯉魚(yú)高通量單核苷酸多態(tài)性基因分型芯片，在鯉魚(yú)多個(gè)品系中多態(tài)性比例達(dá)到74.06%，在常見(jiàn)鯉科近緣?mèng)~類(lèi)物種中也有較高的多態(tài)性比例，這在鯉科魚(yú)類(lèi)性狀遺傳解析和基因組選育中有廣泛可用性。

日前，課題組已開(kāi)展了鯉魚(yú)性別、體色、鱗被、體型、生長(zhǎng)、低氧適應(yīng)、抗皰疹病毒等全基因組關(guān)聯(lián)分析研究，并初步定位了一批性狀相關(guān)的重要功能基因和遺傳座位。