2006年10月13日，海关总署与福建省人民政府在福州举行《关于加快海峡西岸经济区建设合作备忘录》签字仪式。海关总署署长牟新生和省长黄小晶分别代表双方签署了合作备忘录，署省合作协调工作机制正式启动。12月，总署在向温家宝总理报送的工作报告中，将支持海西建设摆在"落实区域发展战略，促进区域经济协调发展"的第一点。